বাংলাদেশ প্রকৌশল বিশ্ববিদ্যালয়ের মাননীয় উপাচার্য পদাধিকার বলে এ প্রতিষ্ঠানের সভাপতি। তবে তিনি সচরাচর একজন সভাপতি মনোনয়ন করেন। তাঁর মনোনীত একজন অভিজ্ঞ ও দক্ষ শিক্ষাবিদের সভাপতিত্বে একটি বিশেষ ধরনের গভর্নিং বডি এ প্রতিষ্ঠানের পরিচালনার দায়িত্ব পালন করেন। বর্তমান ব্যবস্থাধীনে সভাপতি মহোদয় ছাড়াও গভর্নিং বডিতে উপাচার্য মহোদয় মনোনীত তিনজন অভিভাবক প্রতিনিধি এবং দুইজন শিক্ষক প্রতিনিধি রয়েছেন। প্রতিষ্ঠানের অধ্যক্ষ গভর্নিং বডির সদস্য সচিবের দায়িত্ব পালন করেন। ছাত্র-ছাত্রীদের সার্বিক মান উন্নয়ন এবং প্রতিষ্ঠানের উত্তরোত্তর উৎকর্ষ বৃদ্ধির জন্য প্রতিষ্ঠানের ৫০ জন দক্ষ, অভিজ্ঞ ও নিবেদিত প্রাণ শিক্ষক-শিক্ষিকা ও ২০ জন কর্মকর্তা ও কর্মচারী নিরলস পরিশ্রম করে চলেছেন।